Under kommunismen forsøgte Sovjetunionen sammen med det lokale styre at fjerne al religion i Mongoliet, og mange munke blev dræbt. Kun det ene tempel- og klosterområde Gandan Khiid i Ulaanbaatar blev bevaret som museum, og det eksisterer stadig i dag.
Da Mongoliet fik selvstændigt styre i 1991 kom der atter religionsfrihed, og der skete en stor religiøs opblomstring. Mange templer blev bygget og adskillige mennesker vendte tilbage til den tibetanske buddhisme eller de shamanistiske overbevisninger og traditioner. Mange lever med en blanding af disse to.
Kristendommen findes også i Mongoliet, om end den ikke er meget udbredt. Helt tilbage i det 11. århundrede blev de første mongoler kristne og flere gange senere stiftede mongolerne bekendtskab med den kristne tro.
Efter selvstændigheden og åbningen af grænserne er mange missionsvirksomheder kommet til Mongoliet for at hjælpe og for at udbrede kristendommen. Der findes ca. 15.000 kristne i Mongoliet i dag.
På landet blandt nomaderne er de fleste dog tilhængere af lamaismen. Her er hverdagslivet og troen så tæt forbundet, at det for nomaderne er næsten umuligt at overgå til en anden religion eller overbevisning. De er sikre i deres tro på den tibetanske buddhisme og benytter sig ind i mellem af shamanismen.